为什么元朝以海运为主，明清以运河漕运为主

元朝初年，就着力开发运河，并注重建造船只，充实漕运机构。从元世祖忽必烈至元十六年灭宋到至元三十一年（1279至1294年）去世的十五年中，在开发运河方面即有以下几次工程：
至元十六年（1279年）派了五千名军人并征调大批民工，开凿大都至通州的运河。
至元十七年（1280年）调侍卫军三千人，再次开发通州运粮河。
至元二十年（1283年）开凿直沽新河。
至元二十一年（1284年）疏浚神山河、滦河和扬州的运河。
至元二十六年（ 1289年）开会通河，从山东须城（今山东东平县）安山到临清，与运河相接。会通河全长二百五十里，建闸三十一处，动用民工三万人。
至元二十八年（1291年）开通惠河，自大都至通州**庄入白河，长一百六十里。这条河东连白河（通州至直沽），南接北运河（直沽至临清段），并接会通河，再南连扬州运河（自三汊河〔今江苏邳县南〕连会通河）和江南运河（镇江至杭州段）。从这时候起，南北大运河从大都到浙江杭州，又恢复全线通航。
在船只制造方面，只就漕运船舶说，也有以下几次大批建造：
至元十六年（1279年）在隆兴（今江西南昌）、泉州等地共造大小船只三千艘，其中有一部分投入漕运。
至元二十年（1283年）在山东等三省共造船两千艘，投入漕粮运输。
至元二十二年（1285年）又增加济州（今山东钜野）漕船三千艘，并增加漕丁、漕夫一万二千人。
漕运机构方面，至元年间先后设置南北漕运使司、都漕运司等机构；海运则设海运万户府、海道运粮镇抚司、都海运万户府等。
运河漕运，常因天旱水浅，河道淤塞不通，致使漕船不能如期到达。为了克服河运的困难和补助河运的不足，元朝统治者便对另一条漕运干线——海道，给予更大的重视。至元十九年（1282年）元朝**命罗璧、朱清、张瑄〔xuān〕等监造海船六十艘，招募漕丁漕夫，开辟海道运输。朱清、张瑄都是海盗出身，曾替元朝从海道运送过宋朝库藏的图书到直沽，对现在上海天津间的海道线路比较熟悉。他们所招募的漕丁漕夫也大都熟悉海运情况。元**为鼓励他们的积极性，每人按每户五口计算，发给口粮。这样一来，海道粮运便逐年增加，由至元十九年的四万六千石上升到二十七年的一百五十九万石；到元武宗至大二年（1309年）增加为二百四十六万石；元文宗天历二年（1329年）更增加到三百五十二万石。
实行海道运粮后，便利了江南地区粮食的北运；漕船返回时，又将北方的豆、谷和土特产品（梨、枣等）载运到南方，这对当时南北物资的交流起了一定的促进作用。但是，由于当时对海上气候的变化还不能有效地掌握，海道线路的情况也不够熟悉，因此，海道运输是十分艰险的。在风、雾和海盗的袭击下，每年都有大量的漕丁漕夫葬身海底，运粮船只大量沉没；粮食损失，平均每年以十多万石计。
特别严重的是，在当时的漕运制度上，曾有这样的规定，就是：在运粮过程中，如果因为船只损坏以致损耗了漕粮，损耗由押运官员赔偿；如果船只漂沉，以致造成船民死亡时，则可免赔。这样一来，许多押运官员就利用这个规定，每当发现粮船漏水损坏时，宁可置之不问，让它沉没，以逃避自己的责任。这样就更造成许多船民的无辜牺牲，并增加了粮船的沉没数量。
为了寻找经济、安全的海运线路，从至元十九年至三十年（128—1293年）的十二年内，海道漕运线路一共变更了三次。第三次的线路是：从刘家港（今江苏太仓县浏河）入海至崇明岛的三沙进入深海，北去经成山角折而西北行，经刘家岛、沙门岛过莱州湾抵达直沽海口。这一条新线路比较以前的线路短些，快些，顺风时十几天就可以到达。
此外，为了克服海道运输的困难，元朝海运机关曾在至大四年（1311年）接受船民苏显的建议，在西暗沙咀设置航标船，竖立标旗，指挥长江入海口的船只进出。延祐元年（1314年）又接受船民袁源的建议，在江阴的夏港、需沟等九处，设置标旗指引行船。延祐四年（1317年）十二月，又在龙山庙前高筑土堆，土堆四周用石块砌垒；土堆上从每年四月十五日开始（春季漕运开始于四月十五日），白天高悬布旛〔fān〕，夜间悬点灯火，以指挥船只行驶。这收到了很好的效果。
元朝**大规模的挖河造船，对广大劳动人民来说，无疑是一个沉重的负担，各地人民曾多次举行**进行反抗。这种反抗，即使在元朝统治力量强大的建国初期也没有停止过。元世祖至元二十年（1283年），刑部尚书向忽必烈报告说：“江南盗贼相挺而起，凡二百余所，皆由拘刷水手，兴造海船，民不聊生，激而生变。”
总的讲来，元代的漕运是海运、河运并行而以海运为主。
明代实行海禁政策，严格限制贸易，旨在将百姓变成植物，恢复原有的小农经济自给自足的**。一个是为了便于统治，另外也是由于朱元璋本身出身农民阶层的局限。
起初，朱元璋定都南京时，以海运为主。明成祖朱棣定都北京、重开会通河以后，依托京杭大运河将有元一代的海运改为漕运。“自成祖迁燕，道里辽远，法凡三变。初支运、次兑运、支运相参，至支运悉变为长运而定制。”

明朝永乐十三年（1415年）明朝规定漕运全部经由内河，停止海运，漕运全由运河承担。清代嘉庆道光年间，黄河占道，运河淤塞，朝廷存在河运海运之争，但还是河运一派占优势。明清漕运有州县“收米一石止作七八斗” ，“每办一漕，额多之州县官立可富有数十万之巨资”， “吞艘行数千里之运河，过浅过闸有费，督运催攒有费，淮安通坝验米有费，丁不得不转索之官，官不得不取赢于民”，“每漕一石抵都，常二三倍于东南之市价”。
同治十年（1871年）江苏漕运行海道，江南运河仍疏浚维修不断，黄河以北的运河，借黄水济运，借黄通漕，容易淤阻。光绪二十七年（1901年）漕粮改为折色（折现银），漕运废止，但至三十年始裁漕督，全废河运。

晚清时期京杭运河漕运的衰败 京杭大运河经历了500多年的辉煌之后，光绪二十七年（1901年），清**遂令停止漕运，有着千年历史的漕运终于寿终正寝。随着漕运的废除，大运河的辉煌逐渐变成了历史的记忆，没有漕运的大运河多处淤塞，许多地段已不能通航，运行了2000多年的漕运也成为历史记忆。