我们09年从法国进口一批红酒 贸易术语是FOB 但是海关查账的时候说我们的运费没付税 是怎么回事呀

1、海关核定的完税价格是CIF到岸价格——货物价格+保险+运费等，FOB是离岸价格，没有包括从国外启运地到国内进境地这一段的运保费和杂费，而根据《关税条例》这一部分的运保费和杂费都是要计入完税价格的，所以你们没有就这一部分缴税。
2、至于是谁的责任，要看是谁的过错了。
（1）你们是收发货人，委托报关公司报关的情况下，如果你们提供给报关公司的资料（包括报关委托书上）已经明确反映出是FOB价格，是报关公司自己疏忽造成了申报不实的后果，海关会处罚报关公司。《海关行政处罚实施条例》第十七条 报关企业、报关人员对委托人所提供情况的真实性未进行合理审查，或者因工作疏忽致使发生本实施条例第十五条规定情形的，可以对报关企业处货物价值10%以下罚款，暂停其6个月以内从事报关业务或者执业；情节严重的，撤销其报关注册登记、取消其报关从业资格。
（2）在上述前提下，如果是你们自己提供的材料上写成了CIF价格，而从你们提供的资料上无法看出FOB成交，那么处罚你们公司，适用《海关行政处罚实施条例》第十五条 进出口货物的品名、税则号列、数量、规格、价格、贸易方式、原产地、启运地、运抵地、最终目的地或者其他应当申报的项目未申报或者申报不实的，分别依照下列规定予以处罚，有违法所得的，没收违法所得：(四)影响国家税款征收的，处漏缴税款30%以上2倍以下罚款；第十六条 进出口货物收发货人未按照规定向报关企业提供所委托报关事项的真实情况，致使发生本实施条例第十五条规定情形的，对委托人依照本实施条例第十五条的规定予以处罚。
（3）如果报关公司自己作为收发货人办理的业务，也处罚报关公司。适用《海关行政处罚实施条例》第十五条的规定。