在香港读书是都需要自己的英文名字的，可是英文名字是自己自由取的还是根据身份证那里填写的?

看楼主需要及个人爱好。只要不是法律文书签名用的，英文名字可以随意取一个自己喜欢而好听好叫的。如果是拿中国护照，国内是不给登记英文名字的（香港因为中英文都是官方语言，所以可以登记；国内只有中文是官方语言，所以不行），所以，护照上是没有英文名的。
同理，英文名字，按现行国内法律规定，是无法登记入“曾用名”的。
最保险的书写格式，同时也是顺应香港和西方的习惯，楼主的名字的英文格式可以如下：
Zijiqudeyingwenming Benrenmingdepinyin Benrenxingshidepinyin
(即，先写自己取的英文名，再写本人中文名字的名部分的拼音，再写自己本人姓氏的拼音，中间用空格隔开。)

~~还有一种现在通用的，填写中文名的英文翻译的形式，以“张三”这个名字举例，则为：Zhang，San。如果，加上，张三自己取了个英文名叫Sam，则按上述规则写为：先英文名，再名的拼音，再姓的拼音，即 Sam San Zhang。但，中间加逗号的写法则本来就是给母语为非英语的人用的，所以，就无法再加自己取的英文名了，即只能写为：Zhang，San。

香港的通用已知做法接近 Sam San Zhang。但，实际上，港人习惯叫名，故直接称呼Sam即可；然后，注意所有的官方文件（银行、护照、入学登记等）用护照上的标准拼音为好。